EL CEFA TUVO LA MISIÓN DE:
1.- Proponer a unificar y mantener la doctrina militar de la Fuerza Armada.
2.- Regular los diversos niveles de enseñanza en la Fuerza Armada.
3.- Formar profesores militares.
4.- Planificar, desarrollar y supervisar los cursos de:
     a.- COMANDO Y ESTADO MAYOR.
     b.- LOS DE LAS ARMAS Y SERVICIOS.
     c.- ASCENSOS.
     e.- OTROS CURSOS QUE SE ORDENAREN.
5.- Efectuar los estudios que se estimen necesarios relacionados con la docencia de la Fuerza Armada.

6.- Verificar estudios para establecer las equivalencias de los cursos efectuados por personal de Jefes, Oficiales y Tropa en Escuelas o Academias Militares Extranjeras, para los efectos de incorporación y ascenso, dentro de la Fuerza Armada.

A partir de 1972, la Dirección de la ECEM, se convirtió en Dirección del CEFA; las instalaciones y el personal administrativo de la ECEM, sirvieron para que funcionara el Centro de Estudios, sin ser incrementado para el propósito de lo que se había pretendido crear; de esa manera la ECEM perdió la autonomía, funcionalidad y personalidad académica, ya que fue absorbida completamente por el CEFA, siendo este el organismo que siguió dando cumplimiento a la misión de la ECEM y otras mas. La ECEM y la Escuela de Armas y Servicios, a partir de 1972, perdieron su funcionalidad independiente, el cual recuperaron cuando se creo el CODEM.

Desde 1972 hasta 1991 ocupó las instalaciones en que actualmente están las oficinas del Ministerio de la Defensa Nacional; habiéndose traslado a las instalaciones que actualmente ocupa el CODEM en 1991, donde había desocupado la Escuela Militar "Capitán General Gerardo Barrios".

A continuación el detalle de los Directores del CEFA, desde su creación hasta su reemplazo por el CODEM (1972 - 1992);

DIRECTORES DEL CEFA
1.- Cnel. ARMANDO LEÓNIDAS ROJAS, (1972)
2.- Cnel. MAURICIO VIDES CEVALLOS, (1972-1973)
3.- Cnel. JOSÉ DOLORES GERARDO HERRERA, (1974-1975)
4.- Cnel. ROBERTO RUIZ MONGE, (1976 -1977)
5.- Cnel. RICARDO ANTONIO CASTELLANOS, (1978 -1979)
6.- Cnel. GUSTAVO MARTÍNEZ ISASSI, (1979)
7.- Cap De Navío ROBERTO MONTERROSA BONILLA,(1980-1981)
8.- Cnel. FRANCISCO HERNÁN PEREIRA, (1981 - 1982)
9.- Tcnel. ÓSCAR EDGARDO CASANOVA VEJAR, (1982-1983)
10.- Cnel. RINALDO GOLCHER, (1983 -1984)
11.- Cnel. MARCO ANTONIO ALFARO CALLEJAS, (1984 -1989)
12.- Cnel. ÓSCAR EDGARDO CASANOVA VEJAR, (1989-1990)
13.- Cnel. CARLOS ALFREDO RIVAS, (1990-1991)
14.- Cnel. CARLOS ANDRÉS ARAUJO AGUIRRE, (1991 -1992)
15.- Cnel. RICARDO CASANOVA SANDOVAL, (1992)
 

EL CENTRO DE ESTUDIOS DE LA FUERZA ARMADA TUVO LA SIGUIENTE ORGANIZACIÓN:

1.- Dirección.
     a.- Director.
     b.- Sub-Director y jefe del Estado Mayor Académico.
2.- Estado Mayor Académico.
     a.- Sub-Director y jefe del Estado Mayor Académico.
     b.- Jefe de Estudios.
     c.- Jefe de Sección.
3.- Jefatura de Estudios.
     a.- Jefe de Estudios.
     b.- Profesores.
     c.- Instructores.
     d.- Personal administrativo.
4.- Escuela de Comando y Estado Mayor.
     a.- Primer año.
     b.- Segundo año.
5.- Escuela de Armas y Servicios de la Fuerza Armada.
     a.- Curso Básico de Infantería.
     b.- Curso Avanzado de Infantería.
     c.- Curso de Plan Mayor de Batallón.
     d.- Curso de Artillería.
     e.- Curso de Ingenieros.
     f.- Curso de Transmisiones.
     g.- Otros cursos.
5.- Cursos de Ascenso.
     a.- De capacitación para Tropa.
     b.- Para Capitanes.
6.- Cursos de Ascenso para Mayores y para Tenientes Coroneles
7.- Curso Superior de Defensa Nacional.
8.- Consejo de Estudios.
     a.- Director.
     b.- Sub-Director.
     c.- Jefe de Estudios.
     d.- Jefe de Sección.
     e.- Profesores que el Director designe.
9.- Sección Administrativa.
     a.- Ayudantía.
     b.- Pagaduría.
     c.- Servicios.
El CEFA, dependió del Ministerio de Defensa y Seguridad Pública en lo administrativo; y del EMCFA en los aspectos docentes y doctrinarios
Desde 1972, el CEFA cumplió su misión, habiendo fortalecido la doctrina y la educación de la Fuerza Armada, cediendo el paso el 31DIC992, al CODEM, a fin de que este tomara esa misión con una visión mas futurista y ambiciosa.